產交所的技術產權交易運作流程圖示如下，關於各步驟的相關注意事項，分別說明於後：

　　產權出讓方或受讓方可用書面委託產交所會員出讓或購買產權，委託代理協定包括：委託須知、委託事項、交易形式、交易價格、傭金標準、付款方式、其他要求、委託期限…等。

　　完成委託程序後產權出讓方應由推薦人向產交所提出申請時,同時提交以下有關資料，以利查核登記:

1. 高新技術企業或高新技術項目認定證書；
2. 出讓方有效資格證明;
3. 出讓產權歸屬證明；
4. 上級主管部門或同級國有資產管理部門的批文（針對國有資產）；
5. 委託出讓代理協定（如有委託代理人）；
6. 出讓產權的明顯風險警告；
7. 股東大會同意出讓決議；
8. 資產評估機構出具的資產評估報告；
9. 出讓申請書；
10. 律師出具的法律意見書；
11. 產交所規定的其他材料。

　　而產權受讓方向產交所提出交易申請時,亦須同時提交以下資料:

1. 受讓方的資格證明（營業執照或個人身份證件）；
2. 上級主管部門或國有資產管理部門出具的資格證明（針對國有投資主體）；
3. 委託受讓代理協議書（如有委託代理人）；
4. 受讓方的資信證明；
5. 受讓申請書；
6. 產交所規定的其他材料。

　　前述產權出讓方需提出的『高新技術企業或高新技術項目認定證書』，是依據《上海市高新技術成果轉化的若干規定》及《上海市高新技術成果轉化專案認定程式》 而實行的高新技術成果轉化專案認定制度，對在上海開發的或引進國內外高新技術成果轉化專案，進行技術等級、市場前景、專案風險及知識產權狀況…等方面的認定，其目的是為了落實大陸中央、國務院《關於加強技術創新，發展高科技，實現產業化的決定》、《中華人民共和國促進科技成果轉化法》和《國務院辦公廳轉發科技部等部門關於促進科技成果轉化若干規定的通知》，以實施"科教興市"的戰略；根據市府頒發的《上海市促進高新技術成果轉化的若干規定》，凡符合《上海市高新技術產業和技術目錄》範疇的成果轉化專案，無論法人或自然人，均可向上海市高新技術成果轉化服務中心（以下簡稱"市轉化服務中心"）提出認定申請，"市轉化服務中心"負責組織對申請的專案進行評審，最終由上海市高新技術成果轉化專案認定辦公室（以下簡稱"專案認定辦"）對轉化專案進行審定，"專案認定辦"是由市科委、市計委、市經委、市教委、市外資委、市財稅局、市人事局。市海關、市工商局、市專利局等派員組成，"專案認定辦"的日常認定組織與管理工作委託"市轉化服務中心"負責，而專案單位提出申請是認定時須備妥以下申報資料：

1） 專案認定申請書 ：

包括專案單位概況、專案基本情況、轉化專案的創新性、先進性及技術特點、應用領域及目標等。

2） 專案轉化計劃書 ：

包括專案轉化的必要性、轉化內容、市場前景預測、目標規模、資金籌措、企業、法人概況、建設期限、經濟效益預測。

3） 有關技術資料：

包括技術測試報告、用戶使用意見等或樣品、樣機的測試報告或質量檢驗報告、實用情況等（凡屬醫藥專案， 需備有新藥證書或二期臨床試驗批文）；專案專利證書、獲獎證書、列入市級各類計劃證明、高新技術企業證明、先進技術企業證明、上年度專案單位財務報表的複印件（以上若無可免）。科技成果檢索、查新報告（須經國家和市科委認可的檢索查新機構提供結論）。

　　另外，外商投資企業申報認定高新技術成果轉化專案時，則需符合以下條件之一：

1）利用國內科技成果（或專利）在上海市實施轉化的；

2）在引進國外成果消化吸收的基礎上進行二次開發，並形成新技術、新產品；

3） 引進國外尚未轉化的高科技成果（或專利）在上海市實施轉化的；

4） 自行研製開發並獲得專利的科技成果。

　　申請認定不需繳交費用，且在資料備齊繳交後30個工作日內完成，認定的程序是採用分級多路申請和初審，"一口受理，一門服務"，統一歸口審定的辦法：

1. 各區、縣所屬的專案單位，由區、縣科委受理申請,並組織專家評審提出推薦意見，送"專案認定辦"審定。
2. 凡列入市科委，市經委等現有各類市級科技計劃的高新技術成果轉化專案，由市科委、市經委等有關處室受理申請，提出推薦意見，送"專案認定辦"審定。
3. 除上述兩類情況外，專案單位或持有專案的自然人可備齊申請材料，委託"上海市高新技術成果轉化服務中心的分中心"組織有資質的專家進行評審，提出推薦意見，進"專案認定辦"審定。

　　專案審定由"專案認定辦"召開全體成員會議，對推薦專案進行審定，通過後報市科委審批，經市科委批復後，由"市轉化服務中心"向認定轉化專案單位頒發認定證書，並講解落實優惠政策的操作程式，辦理認證的流程簡單圖示如下：

　　凡經認定的高新技術成果轉化專案，可享受《上海市促進高新技術成果轉化的若干規定》的優惠政策，包括：

1. 經認定的高新技術成果轉化專案，給予市和區、縣政府設立專項資金之貸款貼息或融資擔保。
2. 經認定的高新技術成果轉化專案，政府優先將其列入市技術改造專案計劃，在資本金注入、貸款貼息方面給予扶持。
3. 經認定的高新技術成果轉化專案，自認定之日起三年內，政府返還專案用地的土地使用費、土地出讓金；免收購置生產經營用房的交易手續費和產權登記費，部分房產契稅可作為政府的補貼返還；免征建設過程中的上水、煤氣增容費和供配電貼費。從認定之日起三年內，上繳的營業稅、企業所得稅、增值稅的地方收入部分，由財政安排專項資金給予扶持；之後二年，給予減半扶持。經認定的擁有自主知識產權的高新技術成果轉化專案，從認定之日起五年內，上繳的營業稅、企業所得稅、增值稅的地方收入部分，由財政安排專項資金給予扶持；之後三年，給予減半扶持。上述由財政安排的專項資金，90%用於相關企業的技術創新，10%納入科技 型企業技術創新資金集中使用。
4. 經認定的高新技術成果轉化專案所組建的企業，不受工資總額限制，董事會可參照市場勞動力價格和當年政府頒佈的工資增長指導線，自行決定其職工的工資發放水平，並可全額列支成本。從事高新技術成果轉化的海外留學生在滬取得的工薪收入，可視同境外收入，在計算個人應納所得稅額時，除減除規定費用外，並可適用附加減除費用的規定。
5. 關於外商投資企業的優惠部分，只要在上海市新開發的具有自主知識產權的高新技術成果轉化專案，自認定之日起三年內，政府返還專案用地的土地使用費、土地出讓金；購置專案所需生產經營用戶所繳納的房產契稅的一部分，可作為政府補貼給予支援。另外，從認定之日起五年內，企業研製、銷售產品所繳納的營業稅、企業所得稅地方收入部分，由財政安排專項資金給予扶持；之後三年，給予減半扶持。上述由財政安排的專項資金，90%用於相關企業的技術創新，10%納入科技型企業技術創新資金集中使用。
6. 鼓勵外商投資企業加強技術開發活動，外商投資企業當年在中國境內發生的技術開發費比上年增長10%以上（含10%）的，經稅務部門批准，允許再按技術開發費實際發生額的50%抵扣當年度的應納稅所行額。經認定的外商投資技術密集型、知識密集型企業，報稅務部門批准，減按15%的稅率繳納企業所行稅。
7. 對中央各部委、外省市和海外留學生及國外專家帶高新技術成果來滬實施轉化的專案以及具有自主知識產權的高新技術成果轉化專案，經認定後，可優先享受高新技術成果轉化專案的貸款貼息和融資擔保。其產品在政府採購中，可獲得同等優先待遇。
8. 外省市來滬從事高新技術成果專案轉化的科技人員和經營管理者，經上海市高新技術成果轉化服務中心推薦，准予其本人、配偶及未成年子女的戶口遷入本市，並免交城市建設費。
   

　　出讓方及受讓方在完成上述之各個程序後，產交所便會將受理的資訊納入交易統並以多種形式公開發佈技術或產權的各類資訊，例如：刊登產權交易資訊（華東科技創業資本與互動雜誌）、刊登公告、新聞媒體、掛牌上市資訊..等方式，以供大陸境內外的需求方選擇，其中又以交易所內的專案掛牌路演（如圖一）和中國技術產權交易網的掛牌項目即時行情展示（如圖二），最便利且具成效。

　產權出讓、受讓雙方或多方通過初步洽談達成交易的初步意向後，由獨立的資產評估機構對擬轉讓產權進行資產評估，而依照《關於加強專利資產評估管理工作若干問題的通知》（以下簡稱《通知》）及《專利資產評估管理暫行辦法》 （以下簡稱《辦法》）之規定，獨立的資產評估機構應符合國家國有資產管理局的有關規定而設立的，且《通知》第五條並規定其從業人員應當具備財政、會計、金融、經濟、工程技術專業本科以上學歷或從事資產評估、專利管理、專利代理工作兩年以上，並通過國家國有資產管理局和中國專利局共同考核，領有專利資產評估人員考核合格證書者，才能進行資產評估。且從事專利資產評估業務的評估機構應當保證其出具的專利資產評估報告書的真實性和合法性，保證其評估結果的真實、可信、公正、合法。

　　交易雙方就交易的各項實質性條件達成一致意見後，即可訂立產權交易合同，合同需載明以下內容：

1. 交易標的；
2. 出讓人、受讓人的名稱、住所、法定代表人；
3. 交易價格及支付方式和期限；
4. 債權、債務的承繼及清償辦法；
5. 產權交割事項；
6. 職工安置協定；
7. 違約責任；
8. 合同爭議解決方式；
9. 簽約日期；
10. 需要約定的其他事項。

　　產權交易合同經出讓人和受讓人簽字蓋章後，由產交所出具交易憑證。大陸為了為推動技術創新，加速科技成果轉化與技術市場管理，保障有關促進科技成果轉化法律法規和政策的實施，大陸中央根據《中國人民共和國合同法》及科技部、財政部、國家稅務總局《技術合同認定登記管理辦法》的規定，於1990年7月27日頒布了技術合同認定規則（試行），又在2001年7月18日通過修改後之規則。所謂的技術合同認定是指「根據《技術合同認定登記管理辦法》設立的技術合同登記機構對技術合同當事人申請認定登記的合同文本從技術上進行核查，確認其是否符合技術合同要求的專項管理工作」。經過認定登記的技術合同，當事人可以持認定登記證明，向主管稅務機關提出申請，經審核批准後，享受大陸國家規定的稅收優惠政策。換言之，若技術交易雙方未申請認定登記和未予登記的技術合同，則不得享受政府對有關促進科技成果轉化規定的稅收、信用貸款和獎勵等方面的優惠政策，但是技術交易若牽涉到技術轉讓，則當事人必須先簽訂技術轉讓合同。另一方面，上海市根據國務院批准的《技術合同管理暫行規定》，結合該市的實際情況，亦制定了「上海市技術合同登記管理暫行辦法」。由上海市科委會作為技術合作登記的主管機關。其所屬的上海市技術市場管理辦公室，具體負責全市技術合作的認定、登記的管理工作，而各級科技、工商、財政、稅務、專利、金融和其他有關行政管理部門應當協同做好技術合同的管理工作。至於登記的時限，則是技術合同生效後的三十日內。

　　在規範主體上，該辦法適用於雙方當事人或技術出讓方的法人和公民所簽訂的技術合作。而技術合作則指當事人之間就技術開發、技術轉讓、技術咨詢、技術服務所訂立的確立民事權利與義務的協定。技術合同認定、登記工作應由上海市技術市場管理辦公室派出的技術合同登記點進行。專利技術合同登記點應設在市專利管理局。但各區、縣科委及市科委授權的有關部門，凡條件具備的，可申請設立技術合同登記點，但須經上海市技術市場管理辦公室資格審查，報市科委批准，發給技術合同認定、登記章後，方可受理上海地區或系統的技術合同認定、登記工作。

　　技術合同簽訂後，由技術貿易的出讓方，憑科技經營、技術咨詢證書或單位證明登記手續。經過技術仲介的合同，根據出讓、收讓、仲介三方協定，也可由技術仲介方按上述規定辦理登記手續。在職人員出讓非職務技術成果，須付能證明所轉讓的技術成果所有權屬出讓人的材料，或出讓人所在單位出具的未侵犯該單位權益的證明，方能辦理登記手續；僅將技術合同認定登記程序圖示如下：

　　當雙方完成合同簽訂並準備進行產權變更時，應由出讓方經紀會員與受讓方經紀會員填寫《企業產權轉讓合同審核申請書》共同向產交所提出審核申請，產交所依據須提供的文件進行初審，凡符合受理條件的合同則受理審核，並在三個工作日內完成審核工作；凡不符合受理條件的，不予受理審核，由經紀會員負責修改補充後再予受理，產交所根據有關規定履行審核職責，出具審核意見及產權交易憑證，之後出讓方、受讓方應當憑產交所出具的產權交易憑證及產權交易合同到本市的國資、稅務、外資、工商、銀行、房地、勞動和社會保障、公安、公用事業等有關部門辦理有關變更手續，各有關部門應當依據產交所出具的產權交易憑證，在法律、法規和規章規定的期限內辦理有關變更手續；另外為了進一步促進產權市場規範有秩序地發展，嚴格堅守產權轉讓合同的審核工作，上海產權交易所根據《上海市產權交易管理辦法》及《上海市產權交易規則》..等相關規定，特於2000年4月制定《審核產權轉讓合同的受理辦法》（以下簡稱辦法），以保障各方出資者的合法權益，辦法中對產權轉讓合同規定如下：

1. 產權轉讓合同條款必須符合《中華人民共和國合同法》的規定，合同格式須符合上海產權交易所的文本要求。
2. 產權轉讓合同及其附件必須字為端正、清晰，資料準確，不得塗改。產權轉讓合同及其附件必須列具目錄，按產交所統一印製的封面裝訂成冊。

　　另外受理時須提供的文件，由出讓方、受讓方提供給受託的產權經紀機構，產權經紀機構對所提供文件的真實性，準確性負責。提供文件為複印件的，須由產權經紀機構加蓋公章。

１. 出讓方須提供的文件包括：

• 委託出讓代理協定
• 出讓方營業執照
• 出讓方稅務登記證
• 出讓方股東會(董事會)決議
• 代行出資人權利的出讓方上級主管部門批文
• 被出讓企業的營業執照
• 被出讓企業的稅務登記證
• 被出讓企業章程
• 被出讓企業股東會，(董事會)決議
• 被出讓企業資產評估確認書
• 被出讓企業產權界定報告或意見書
• 被出讓企業房地產權證
• 轉讓資產清單
• 被出讓企業屬特殊行業或資質的評估報告證明
• 主要債權人同意債務轉移的協定或承諾書
• 受理法院同意破產企業轉讓的函件
• 多個出讓方委託出讓的委託書

2. 受讓方須提供的文件包括：

• 委託收購代理協定
• 受讓方營業執照
• 受讓方稅務登記證
• 受讓方股東會(董事會)決議
• 受讓方上級主管部門批復
• 受讓方為自然人的有效證明
• 外商收購意向書[包括境外、中外合資(合作)、外商獨資]
• 受讓方資信證明
• 受讓方上一個月的資產負債表
• 受讓方屬特殊行業或資質的證明
• 多個受讓方委託收購的委託書

　　依照規定可在產交所之外進行產權交易的，可以憑產權交易合同辦理權證變更手續和其他有關手續；外商受讓產權的，應當符合國家頒佈的指導外商投資方向的規定和外商投資產業指導目錄，並按照有關法律、法規和規章的規定辦理手續。